Keith et Lucas reviennent à Tree Hill. Dan veut changer et apprendre à connaître Lucas.
Keith, qui remplace Dan au garage, embauche Nathan. Lucas renoue avec Brooke et Peyton qui acceptent froidement la réconciliation. Karen achète une salle à Tree Hill qui servira d'annexe au café et où Peyton organisera des concerts. Lucas, Brooke et Peyton y préparent une fête pour célébrer en retard le mariage-éclair de Nathan et Haley $) . Malgré leurs problèmes économiques, Nathan offre en cadeau à Haley un piano électrique, lui permettant de s'investir dans sa passion : la musique.
Brooke rencontre son nouveau voisin, Félix, un séducteur. Karen entame des cours à l'université et sympathise avec son professeur néo-zélandais, Andy. Keith lui fait essayer une voiture et tombe sous son charme. Lucas rencontre Anna, la s½ur jumelle bissexuelle de Félix, lors d'une soirée où il participe à un jeu de défis organisé par ce dernier.Keith demande même à Julia de l'épouser. Mais Lucas découvre que Julia n'est pas arrivée dans la vie de Keith par hasard et que Dan l'a payée pour qu'elle lui brise le c½ur comme Keith le lui a brisé en couchant avec sa femme.
Lucas apprend, grâce à la crise cardiaque de Dan, qu'il a hérité de la maladie de c½ur de son père. Haley enregistre un album avec Chris. Elle part en tournée avec lui, quittant Nathan. Peyton, seule et sur le point de sombrer dans la drogue, est sauvée par le retour de Jake à Tree Hill. Ils dépassent enfin les bornes de l'amitié. Brooke, aidée par Lucas et Félix devient la présidente des élèves de Tree Hill.. Le c½ur brisé, Keith quitte également la ville.
Les parents de Brooke déménagent en Californie.Après le départ d'Haley, Nathan déprime, sèche les cours, apporte de la bière en classe et mène une vie de déboché dans son appartement. Debbie fait venir son frère Cooper à Tree Hill pour qu'il remonte un peu le moral de son neveu. Cooper l'emmène sur une piste de course automobile et fait l'erreur de le mettre au volant d'une voiture de course. Nathan prend de la vitesse et provoque volontairement un accident. Quand Debbie veut lui donner son sang à l'hôpital, un médecin lui annonce que qu'il contient un excès de drogue et lui conseille un centre de désintoxication. Alors que Nathan revient chez son père, Lucas retourne emménager chez sa mère où habite maintenant Brooke.
Brooke et Lucas éprouvent à nouveau des sentiments pour l'autre, sans savoir qu'ils sont réciproques. Une femme du nom de Ellie Harp vient la voir au café et l'interroge sur le "Tric", la boîte de nuit qu'elle dirige. Karen part pour la Nouvelle-Zélande retrouver Andy, Brooke pour la Californie voir ses parents. Avant qu'elle s'en aille, Lucas lui donne un baiser. Dans son bureau, Il tombe inanimé alors que quelqu'un, vêtu d'une combinaison noire, entre dans la pièce et met le feu au bâtiment. Debbie rentre du centre de désintoxication.
